Американским ученым (Vir Biotechnology (США) и Института геномики и эволюционной медицины Темплского университета) впервые удалось создать прогностическую модель, которая позволяет предсказывать мутации в Spike-белке SARS-CoV-2, влияющие на способность вируса преодолевать иммунную защиту организма человека.

С помощью математических расчетов специалисты могут заранее предугадать важные изменения, которые произойдут с коронавирусом в будущем. Согласно их данным, в ближайшие четыре месяца стоит ожидать появления 22 новых мутаций SARS-CoV-2. При этом специалисты из США учитывают только те изменения в коронавирусе, которые получат массовое распространение по всему миру. 

Чтобы проверить надежность своей модели, ученые попытались ретроспективно «предсказать» те мутации, которые на данный момент уже массового распространились по планете. Оказалось, что даже в тех случаях, когда об изменениях в последовательностях аминокислот нет исчерпывающей информации, модель может прогнозировать их появление за пять месяцев до того момента, как их распространенность в мировом масштабе достигнет 1%. Дополнительно авторы исследования предсказали появление мутаций L452R, P618R, E484Q, которые привели к появлению индийского штамма «Дельта». Им удалось сделать это на несколько месяцев раньше его распространения по миру. 

Возможность предугадать, как будет эволюционировать вирус, позволит заранее разрабатывать вакцины для будущих штаммов, улучшать методы их диагностики и терапии с использованием антител, а также точнее прогнозировать развитие пандемии с учетом числа новых заражений, госпитализаций и смертельных исходов. 

Разработанные модели были «натренированы» на мутациях с уже известной динамикой. Затем проверили, насколько точно они предсказывают судьбу мутаций с уже известной историей, но не включённых в тренировочный набор, объяснил профессор кафедры геномики и биоинформатики СФУ, профессор Геттингенского университета Константин Крутовский. 

«Эффективность этих предсказательных моделей оказалась на удивление очень высокой. Для их разработки использовались очень сложный математический аппарат и компьютерный анализ. Проделан огромный объем работы — было проанализировано 1 104 875 сиквенсов (образцов генетического кода SARS-CoV-2. — «Известия») и более 6,2 тыс. мутаций, вызывающих замены, вставки или делеции (выпадение) аминокислот в шиповидном белке», — подчеркнул Константин Крутовский. 

По его словам, разработанные модели действительно имеют огромное практическое значение, так как они позволяют предсказывать, какие мутации могут получить распространение в популяциях. Это дает возможность разработчикам вакцин заранее подготовиться к этому и модифицировать вакцины для увеличения их эффективности против новых штаммов.