Профессиональную переподготовку и повышение квалификации с отрывом от производства прошли 4196 руководителей и специалистов Московской железной дороги. На столичной магистрали разработана и активно действует система непрерывного профессионального обучения, направленная на совершенствование профессиональной подготовки, переподготовки и повышения квалификации кадров.

С девятью техникумами и колледжами железнодорожного транспорта, расположенными на территории дороги, заключены договоры на подготовку, переподготовку и повышение квалификации рабочих, руководителей среднего звена и мастеров дороги. В техникумах и колледжах железнодорожного транспорта в 2007 году для структурных подразделений дороги подготовлены 2273 человека, повысили квалификацию 3317 человек. В дортехшколах подготовлено 1290 человек, повысили квалификацию 444, в том числе 576 машинистов локомотивов, 240 машинистов железнодорожно-строительных машин, 140 осмотрщиков вагонов, 194 монтера пути. Первостепенное внимание на дороге уделяется обучению руководителей и специалистов структурных подразделений дороги, повышение квалификации руководителей дороги.